Les parasites présents sur le pelage ou dans les organes des écureuils sont bien adaptés à leur hôte et inversement. Ils jouent ainsi, généralement, un rôle secondaire sur la condition physique et la survie des individus.
Ce sont les animaux en mauvaise condition physique (par manque de nourriture par exemple) qui, suite à une déficience de leurs systèmes immunitaires, présentent des charges élevées en parasites. Leurs conséquences, en général, se surajoutent à d’autres facteurs.
Des recherches portant sur les cortèges parasitaires des Sciuridés sont actuellement développées plus particulièrement sur les écureuils introduits.
En effet, dans la plupart des cas, une espèce n’est pas introduite seule, mais avec au moins une partie de son cortège initial de parasites. S’ils ne sont pas spécifiques à leur hôte, ils peuvent se développer sur d’autres espèces (notamment l’Écureuil roux), avec des conséquences potentiellement importantes.
Ces travaux sont réalisés sur le terrain pour les ectoparasites (puces, poux, tiques), à partir de l’examen d’animaux vivants, et au laboratoire pour les ecto et les endoparasites (vers intestinaux), à partir d’animaux morts, prélevés spécifiquement pour ces études (Tamia de Sibérie, Écureuil à ventre rouge), ou trouvés morts (écureuils roux écrasés sur le réseau routier).
Sur le terrain, animal en main, il est possible de dénombrer et collecter puces, poux et tiques. Leur dénombrement ou leur abondance sera indicative, car la plupart de ces ectoparasites sont de petite taille (0,5 mm pour certains poux par exemple).
Au laboratoire, sur animaux morts, les ectoparasites sont recherchés sous loupe binoculaire par un examen minutieux de leur fourrure.
Pour la plupart des groupes, leur identification est réalisée par un spécialiste.
L’analyse du cortège en endoparasites (vers intestinaux) nécessite également la mort de l’animal.
Toutefois, dans un avenir assez proche, cet inventaire pourra être fait sur animaux vivants, par l’analyse génétique du contenu des crottes, où sont présents des fragments d’ADN de ces parasites. A l’heure actuelle, la recherche des parasites est réalisée sous loupe binoculaire, avec beaucoup d‘attention car les vers parasites peuvent être de très petite taille (certain ayant le diamètre d’un cheveu). Les parasites sont alors montés sur lames, puis identifiés au microscope sur la base de critères morphologiques spécifiques.
Là aussi, il s’agit d’un travail de spécialiste et de longue haleine. Certains microparasites, telles les coccidies (localisées dans l’intestin chez les écureuils), doivent être recherchés au laboratoire sur animaux morts, ou dans des crottes fraiches.
D’autres microparasites, comme les bactéries du groupe Borrelia burgdorferi, agents de la maladie de Lyme, peuvent être diagnostiqués sans tuer l’animal, par le prélèvement d’une biopsie d’oreille et la recherche de l’ADN de ces bactéries.