L’étude d’une population, par capture-marquage-recapture, nécessite l’utilisation de pièges adaptés, ne blessant pas les individus. Pour les Sciuridés, des pièges à palette sont utilisés : piège Sherman pour l’Écureuil de Corée (8 X 8 X 26 cm), cages-pièges (16 X 18 X 60 cm) pour l’Écureuil roux et l’Écureuil de Pallas.
Les pièges, posés au sol, sont appâtés avec du beurre de cacahouète auquel on ajoute des graines de tournesol pour le Tamia, des noix pour l’Écureuil roux et des quartiers de pomme (d'orange en Argentine) pour l’Écureuil de Pallas. Il est important, lorsque l’étude porte sur le long terme, que les appâts restent identiques, afin de pouvoir comparer les résultats au cours du temps. Ainsi, on choisit des appâts disponibles tout au long de l’année.
Les écureuils pénètrent dans le piège pour consommer l’appât et actionnent la fermeture du piège en marchant sur une palette. Celle-ci est généralement sensible, et il est fréquent de piéger d’autres espèces : des petits rongeurs (campagnols, mulots…), des oiseaux (Mésange charbonnière, Mésange nonnette, Sitelle…) dans les pièges Sherman ; des rats, des hérissons, voire également des oiseaux dans les pièges cages. Ne blessant pas les animaux, ceux-ci seront relâchés immédiatement.
Afin de limiter le stress des animaux, les pièges sont visités toutes les deux heures, du lever au coucher du soleil. Ils sont fermés durant la nuit afin de limiter la capture d’espèces non cibles (rongeurs nocturnes).
Les écureuils sont sortis des pièges en les faisant passer dans un sac, de taille variable selon les espèces. Une fois dans le sac, ils sont saisis à la main pour être examinés.
Le suivi des animaux par capture-recapture nécessite le marquage des individus. Celui-ci doit être le moins gênant possible et perdurer tout au long de la vie de l’animal. Pour les écureuils, deux types de marquage sont utilisés : une bague numérotée posée sur l’oreille et un transpondeur (puce électronique) placé sous la peau, au niveau du dos, entre les épaules.
Bagues et transpondeurs sont très légers et ne perturbent pas l’animal. Pour le Tamia de Sibérie, utilisant un terrier, il est fréquent que les bagues soient arrachées. Pour cette espèce, mais également pour l’Écureuil roux et l’Écureuil de Pallas, la pose d’un transpondeur est une méthode idéale de marquage. Lors des premiers jours, il arrive que le transpondeur, mal posé, soit perdu par l’animal. Aussi, systématiquement, tous les animaux capturés sont équipés à la fois d’une bague auriculaire et d’un transpondeur.
Chaque transpondeur a un numéro qui lui est propre. Il fonctionne "indéfiniment" car il n’est pas alimenté par une pile, et répond à la « sollicitation » d’un récepteur. La distance de réception est faible : 4 à 5 cm.
Suite à leur capture, les écureuils sont pesés, sexés puis examinés.
Les examens portent principalement sur les organes reproducteurs afin de préciser le statut des individus. Pour les mâles, on examine la position des testicules (scrotale ou abdominale) et, pour les femelles, l’état de leur vulve (afin de préciser si elles sont en œstrus ou en anœstrus) et des mamelles (individu allaitant ou non)
Pour le Tamia de Sibérie, selon les objectifs des recherches, les puces sont dénombrées et collectées, et les tiques (larves et nymphes) présentes sur la tête sont dénombrées (les tamias hébergent très exceptionnellement des tiques adultes).
Lors de leur première capture, un prélèvement de poils est effectué afin de préciser les caractéristiques génétiques de l’animal.
Ensuite, les écureuils sont relâchés à l’emplacement de leur capture.