Dans les secteurs où le piégeage n’est pas réalisable (parcs urbains, forêts périurbaines très fréquentées par le public, zones à faible densité en écureuils), des méthodes indirectes de dénombrement des individus peuvent être utilisées.
Les écureuils sont dénombrés sur des itinéraires de longueur déterminée et distribués aléatoirement sur le site d’étude. Sur chaque transect, la distance des individus perpendiculairement à l’axe de déplacement est notée. L’ensemble de ces informations permet d’estimer, après traitement mathématique, la densité de la population présente sur ce site.
Des tubes, d’une longueur de 30 cm environ et d’un diamètre de 5 à 8 cm selon l’espèce visée, sont placés horizontalement sur un tronc à 3 m de hauteur pour les écureuils arboricoles, ou au sol pour les écureuils terrestres. Un appât est placé au centre du tube et, aux extrémités, sur la partie supérieure, une planchette avec du scotch double face. Lorsque l’animal pénètre dans le tube pour consommer l’appât, il laisse des poils de son dos sur le scotch. L’examen de ces poils au microscope permet d’identifier l’espèce ayant fréquenté le tube et ainsi d’estimer au cours du temps des indices d’abondance de la population.
Cette méthode, spécifique aux écureuils arboricoles tel l’Écureuil roux ou l’Écureuil à ventre rouge, est appliquée de préférence dans les groupements de feuillus où les nids sont visibles (contrairement à ceux installés dans des peuplements de conifères). Les résultats, difficilement comparables d’un site d’étude à un autre, permettront l’obtention de données relatives dans le temps, dans un secteur donné, indicatrices de l’évolution de l’effectif de la population. Elle n’est pas applicable lorsque deux espèces d’écureuils arboricoles aux nids non différenciables cohabitent : cas des zones périphériques à l’aire de répartition de l’Écureuil à ventre rouge dans les Alpes-Maritimes.
Les cônes rongés par les écureuils sur une bande de longueur et de largeur déterminées sont dénombrés à différentes périodes de l’année. Leur abondance est fonction de celle en écureuils. Applicable uniquement en forêt de résineux, les résultats obtenus par cette méthode sont d’un intérêt limité, car dépendante de la disponibilité en cônes, variable selon les saisons.
L’hiver, en présence de neige au sol, les traces laissées par l’Écureuil roux sont facilement reconnaissables. Les empreintes des pieds postérieurs et des mains forment un trapèze. Le dénombrement des pistes peut fournir un indice d’abondance de la population.