Le cortège en parasites des écureuils de Pallas est mal connu sur son aire d’origine.
Dans les pays où il a été introduit, trois à sept espèces ont été identifiées :
Les poux identifiés au Japon, en Belgique et en France sont originaires du sud-est asiatique ; ils ont été introduits avec leur hôte, ainsi que les nématodes B. callosciuri et S. callosciureus au Japon. Ces deux dernières espèces pourraient infecter l’Écureuil roux du Japon, Sciurus lis, s’ils venaient à cohabiter. Les poux, très spécifiques des Callosciurus, peuvent être négligés comme source de danger pour les écureuils du genre Sciurus. En France et en Belgique, les puces et vers intestinaux parasitant accidentellement les écureuils de Pallas sont habituellement portés par des rats ou souris. Ces parasites ne présentent pas de danger pour l’homme.
Très peu d’informations sont disponibles sur les prédateurs de l’Écureuil de Pallas sur son aire d’origine. Dans le Parc national de Ken-Ting (Taiwan), ses principaux prédateurs sont le Serpentaire bacha (Spilornis cheela) et le Busard à tête grise (Butastur indicus), des mammifères terrestres et des serpents. En leur présence, les écureuils émettent des cris d’alerte différents : un chant unimodal pour les prédateurs aériens, des aboiements ou des cris répétés pour les prédateurs terrestres.
En France, les principaux mammifères pouvant avoir un impact sur l’Écureuil de Pallas, sur son aire de répartition actuelle, sont les chats et les chiens domestiques.