L’Écureuil roux, rongeur forestier, occupe une grande variété d’habitats en France, tant en zones continentales, océaniques que méditerranéennes.
Les forêts de conifères (pin, sapin, épicéa, mélèze), les forêts mixtes (constituées de feuillus et de conifères), sont ses habitats préférentiels, en relation avec la présence d’une nourriture variée et riche (graines de conifères), et dont les disponibilités sont relativement constantes au cours des années. Dans ce type d’habitat, leur densité varie selon les années entre 0,5 et 1,5 ind./ha.
L’Écureuil roux occupe également les forêts de feuillus, mais en moindre densité (0,02 à 0,2 ind./ha). En présence d'autres Sciruidés, il est probable que cette espèce ne persisterait pas dans ce type d'habitat qui lui est peu favorable, en relation avec une mauvaise assimilation des glands, principale ressource alimentaire disponible (voir les relations entre l’Écureuil roux et l’Écureuil gris en Grande-Bretagne).
Les jardins situés à proximité d’un massif forestier sont très fréquentés par ce rongeur (en lien avec la diversité des ressources alimentaires et le nourrissage), tout comme certains parcs urbains où ils sont également nourris par le public (Parc de Sceaux, Hauts-de-Seine, avec plus de 2, voire 3 ind./ha).
La destruction et la fragmentation de ses habitats sont les principaux facteurs à l’origine de la diminution de l’effectif des populations en Europe de l’ouest.